จังหวัดปัตตานีมีเนื้อที่ประมาณ 2,052 ตารางกิโลเมตร เป็นจังหวัดที่มีขนาดเล็กเป็นอันดับ 2 ของภาคใต้ (อันดับ 1 คือภูเก็ต) พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบลุ่ม
เหมาะแก่การเพาะปลูก มีภูเขาสำคัญคือภูเขาทรายขาว ซึ่งอยู่ในเทือกเขาสันกาลาคีรี มีแม่น้ำสำคัญ 2 สาย คือ แม่น้ำตานีและแม่น้ำสายบุรีปัตตานีเป็นดินแดน
เก่าแก่ซึ่งได้สั่งสมความรุ่งเรืองมายาวนาน มีชื่อปรากฏอยู่ในเอกสารโบราณหลายฉบับ เช่น ตานี ปะตานี ฟาฏอนี โฝตาหนี ต้าหนี่ เป็นต้น ด้วยทำเลที่ตั้งติดกับทะเล
มีอ่าวที่สามารถบังคลื่นลมได้ดี อีกทั้งยังมีเส้นทางบกและเส้นทางแม่น้ำเชื่อมต่อกับด้านมหาสมุทรอินเดีย รวมถึงการที่มีทรัพยากรธรรมชาติอุดมสมบูรณ์ ปัตตานีจึงเป็นเมืองท่าค้าขายกับเมืองอื่นๆ บนคาบสมุทรมลายูที่เจริญรุ่งเรืองเป็นอย่างยิ่ง การเป็นเมืองท่าเช่นนี้ยังทำให้ปัตตานีได้รับอารยธรรมจากชนชาติต่างๆ
ที่เข้ามาติดต่อค้าขาย ซึ่งต่อมาได้ผสมผสานกับวัฒนธรรมดั้งเดิม กลายเป็นวัฒนธรรมที่มีเอกลักษณ์เฉพาะมาจนถึงทุกวันนี้นักประวัติศาสตร์และนักโบราณคดีเชื่อว่า
ดินแดนที่เป็นปัตตานีในปัจจุบัน คือที่ตั้งของอาณาจักรลังกาสุกะ ซึ่งรุ่งเรืองมาตั้งแต่ช่วงพุทธศตวรรษที่ 7 โดยมีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองโบราณยะรังในปัจจุบัน
จนถึงช่วงพุทธศตวรรษที่ 19 ลังกาสุกะจึงเริ่มเสื่อมลง เพราะชายฝั่งทะเลตื้นเขิน แม่น้ำเปลี่ยนทางเดิน อีกทั้งอาณาจักรมะละกาทางตอนใต้ยกกำลังมาโจมตีหลายครั้ง
กระทั่งถึงพุทธศตวรรษที่ 21 ลังกาสุกะก็ล่มสลายลง โดยมีเมืองท่าแห่งใหม่ชื่อปะตานีเจริญรุ่งเรืองขึ้นมาแทน และเป็นศูนย์กลางการศึกษาและเผยแผ่ศาสนาอิสลาม
ที่สำคัญในภูมิภาคนี้ล่วงเลยมาถึง พ.ศ. 2351 ปัตตานีแบ่งการปกครองออกเป็น 7 หัวเมือง คือ เมืองตานี ยะหริ่ง หนองจิก สายบุรี ระแงะ รามันห์ และยะลา
ครั้นถึง พ.ศ. 2449 ปัตตานีแยกมาตั้งเป็นมณฑล จนถึง พ.ศ. 2475 มณฑลปัตตานีก็ถูกยุบไปรวมกับมณฑลนครศรีธรรมราช กระทั่งถึง พ.ศ. 2476
จึงได้รับการยกฐานะเป็นจังหวัดปัตตานี จวบจนถึงปัจจุบันจังหวัดปัตตานีแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 12 อำเภอ ได้แก่ อำเภอเมืองปัตตานี อำเภอโคกโพธิ์ อำเภอ
มายอ อำเภอหนองจิก อำเภอปะนาเระ อำเภอสายบุรี อำเภอยะรัง อำเภอยะหริ่ง อำเภอทุ่งยางแดง อำเภอไม้แก่น อำเภอกะพ้อ และอำเภอแม่ลาน